《中华人民共和国大气污染防治法》明确提出国家要建立重污染天气监测预警体系。地方人民政府应当依据重污染天气的预警等级，根据应急需要可以采取包括责令有关企业停产或者限产的应急措施。因此在排污许可的制度设计中，要求将地方依法依规制定的重污染天气应急预案、环境质量限期达标规划等文件中对辖区内企业污染物排放的具体要求纳入企业的排污许可证中，以法律文书的形式，明确特殊时期和环境质量不达标地区的企业应当承担的减排义务。
上述所指的特殊时期主要由下列文件规定：如①设区的市级以上人民政府和可能发生重污染天气的县级人民政府，依法制定的重污染天气应急预案；②国家或所在地区人民政府依规制定的冬防措施、重大活动保障措施等文件；③地方限期达标规划或有关水污染防治应急预案对枯水期等特殊时期污染物排放控制要求等。
在许可证有效期内，国家或企业所在地区人民政府发布新的特殊时段要求的，企业应当申请许可证变更，按照新的要求进行排放。排污许可证也应当依法遵守并明确要求。
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