按现行财政体制，排污费收入实行中央与地方1:9分成。考虑到治理污染、保护环境的职责任务主要由地方承担，为充分调动地方积极性，完善地方税体系，环境保护费改税后，拟将环境保护税全部作为地方收入，中央财政不再分成。
按照《预算法》的规定，税收收入应纳入一般公共预算管理，统筹用于保障和改善民生、推动经济社会发展、维护国家安全等方面。虽然环境保护税不采取专款专用方式，但不会降低污染治理和环境保护的投入力度，原由排污费安排的支出纳入同级财政预算，按照力度不减的原则予以充分保障。“十二五”期间，全国一般公共预算用于节能环保的支出约1.76万亿元，其中2015年用于节能环保的支出为4814亿元，重点支持大气、水、重金属污染防治以及农村环境综合整治等工作，财政预算安排的支出远远超过排污费的收入规模。开征环境保护税后，各级财政将进一步加大对环境保护税的支持力度。
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